Molte strutture di grandi assemblee molecolari come capsidi virus e ribosomi sono stati sperimentalmente determinato alla risoluzione atomica. Consideriamo quattro problemi software che sorgono nella visualizzazione interattiva e nell’analisi di grandi assiemi: come rappresentare multimers in modo efficiente, come fare rappresentazioni dei cartoni animati, come calcolare i contatti in modo efficiente, e come selezionare sottoassiemi. Descriviamo le tecniche e gli algoritmi che abbiamo sviluppato e forniamo esempi del loro utilizzo. I programmi di visualizzazione molecolare esistenti funzionano bene per singole molecole di proteine e acidi nucleici e per piccoli complessi. I metodi qui presentati sono proposti come funzionalità da aggiungere ai programmi esistenti o includere nel software di visualizzazione di nuova generazione per consentire una facile esplorazione di assiemi contenenti da decine a migliaia di macromolecole. Il nostro approccio è pragmatico, sottolineando la semplicità del codice, l’affidabilità e la velocità. I metodi descritti sono stati distribuiti come estensione multiscala della Chimera UCSF (www.cgl.ucsf.edu/chimera) programma di grafica molecolare.

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