Viz také: neproteinogenní aminokyseliny
Viz také: rozšířený genetický kód

aloprotein je nový syntetický protein obsahující jednu nebo více“ nepřirozených “ aminokyselin. Přírodní V kontextu znamená aminokyselinu, která se buď nevyskytuje v přírodě (nové a syntetizované aminokyseliny), nebo se vyskytuje v přírodě, ale přirozeně se nevyskytuje v proteinech (přírodní, ale neproteinogenní aminokyseliny).

možnost nových aminokyselin a proteinů vzniká, protože v přírodě má genetický kód zodpovědný za strukturu proteinů k dispozici 64 možných kodonů pro kódování všech aminokyselin používaných v proteinech (4 nukleotidy v každé ze 3 bází; 4 x 4 x 4 dává 64 možných kombinací), ale u lidí a jiných eukaryot tyto kódují pouze 20 standardních aminokyselin. Tato úroveň redundance informací v tabulce kodonů je v biochemii známá jako degenerace. Otevírá dveře pro nové aminokyseliny, které mají být potenciálně kódovány.

jeden přístup využívá redundanci 3 kodonů, které kódují signál „stop“. Pokud jeden z nich může být nahrazen jiným stop kodonem, pak tento kodon může být v zásadě „přeřazen“ (spolu s potřebnými modifikacemi tRNA, uvolňovacího faktoru a enzymu) na kód nové aminokyseliny, aniž by to ovlivnilo další existující kodingy. Pomocí tohoto přístupu mohou být aloproteiny a nové aminokyseliny vytvořeny technikami, které „rozšiřují“ genetický kód tak, aby zahrnoval další nové kodingy, pomocí nově navržených kodonů a příbuzných enzymů tRNA (transfer RNA) a tRNA syntetázy (aminoacyl tRNA syntetáza). Obvyklé mechanismy, které produkují aminokyseliny a kombinují je do proteinů, pak produkují nové nebo neproteinogenní aminokyseliny a začleňují je, aby vytvořily nové proteiny stejným způsobem. V roce 2010 byla tato technika použita k opětovnému přiřazení kodonu v genetickém kódu bakterie E. coli, modifikovat tak, aby produkovala a začlenila novou aminokyselinu, aniž by to nepříznivě ovlivnilo stávající kódování nebo samotný organismus.

použití Alloproteinů zahrnuje začlenění neobvyklých nebo těžkých atomů pro analýzu difrakční struktury, fotoreaktivní linkery (fotokrosslinkery), fluorescenční skupiny (používané jako označené sondy) a molekulární spínače pro signální dráhy.

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna.