Se også: ikke-proteinogene aminosyrer
Se også: udvidet genetisk kode

et alloprotein er et nyt syntetisk protein, der indeholder en eller flere “ikke-naturlige” aminosyrer. Ikke-naturlig i konteksten betyder en aminosyre, der enten ikke forekommer i naturen (nye og syntetiserede aminosyrer) eller forekommer i naturen, men ikke naturligt forekommer i proteiner (naturlige, men ikke-proteinogene aminosyrer).

muligheden for nye aminosyrer og proteiner opstår, fordi den genetiske kode, der er ansvarlig for proteinstrukturen, i naturen har 64 mulige kodoner til rådighed til kodning af alle aminosyrer, der anvendes i proteiner (4 nukleotider i hver af 3 baser; 4 gange 4 gange 4 giver 64 mulige kombinationer), men hos mennesker og andre eukaryoter koder disse for kun 20 standardaminosyrer. Dette niveau af informationsredundans inden for kodontabellen er kendt i biokemi som degeneration. Det åbner døren for, at nye aminosyrer potentielt kan kodes.

en tilgang drager fordel af redundansen af de 3 kodoner, der koder for et “stop” – signal. Hvis en af disse kan erstattes af et andet stopkodon, kan det kodon i princippet “omfordeles” (sammen med nødvendige tRNA, frigivelsesfaktor og ændringer) for at kode for en ny aminosyre uden at påvirke andre eksisterende kodninger. Ved hjælp af denne tilgang kan alloproteiner og nye aminosyrer oprettes ved teknikker, der “udvider” den genetiske kode til at omfatte yderligere nye kodninger ved hjælp af nyligt udtænkte kodoner og relateret tRNA (transfer RNA) og tRNA-syntetase (aminoacyl-tRNA-syntetase). De sædvanlige mekanismer, der producerer aminosyrer og kombinerer dem til proteiner, producerer derefter nye eller ikke-proteinogene aminosyrer og inkorporerer dem for at fremstille nye proteiner på samme måde. I 2010 blev denne teknik brugt til at omfordele et kodon i den genetiske kode for bakterien E. at producere og inkorporere en ny aminosyre uden at påvirke eksisterende kodninger eller selve organismen negativt.

alloproteinanvendelser inkluderer inkorporering af usædvanlige eller tunge atomer til diffraktiv strukturanalyse, fotoreaktive linkere (photocrosslink), fluorescerende grupper (brugt som mærkede prober) og molekylære afbrydere til signalveje.

Skriv et svar

Din e-mailadresse vil ikke blive publiceret.