Die alkoholischen Getränke, die durch Fermentation hergestellt werden können, variieren stark und hängen hauptsächlich von zwei Faktoren ab — der fermentierten Pflanze und den für die Fermentation verwendeten Enzymen. Menschliche Gesellschaften verwenden natürlich die Materialien, die ihnen zur Verfügung stehen. So haben verschiedene Völker Trauben, Beeren, Mais, Reis, Weizen, Honig, Kartoffeln, Gerste, Hopfen, Kaktussaft, Maniokwurzeln und andere Pflanzenmaterialien zur Fermentation verwendet. Die Produkte solcher Reaktionen sind verschiedene Formen von Bier, Wein oder destillierten Likören, die je nach Quelle, aus der sie stammen, bestimmte Namen erhalten können. In Japan wird Reiswein als Sake bezeichnet. Wein aus Honig wird als Met bezeichnet. Bier ist das Fermentationsprodukt von Gerste, Hopfen und/ oder Malzzucker.

Zu Beginn der Menschheitsgeschichte verwendeten die Menschen natürlich vorkommende Hefen zur Fermentation. Die Produkte solcher Reaktionen hingen davon ab, welche Enzyme in „wilder“ Hefe vorkommen könnten. Heute können Winzer aus einer Vielzahl speziell kultivierter Hefen auswählen, die die genaue Richtung der Gärung steuern.

Ethylalkohol ist nicht das einzige nützliche Fermentationsprodukt. Das bei der Fermentation entstehende Kohlendioxid ist auch ein wichtiger Bestandteil vieler Backwaren. Wenn der Teig für Brot gemischt wird, wird zum Beispiel eine kleine Menge Zucker und Hefe hinzugefügt. Während der aufsteigenden Periode wird Zucker durch Enzyme in der Hefe unter Bildung von Kohlendioxidgas fermentiert. Das Kohlendioxid verleiht dem Teig Sperrigkeit und Textur, die ohne den Fermentationsprozess fehlen würden.

Fermentation hat eine Reihe von kommerziellen Anwendungen, die über die bisher beschriebenen hinausgehen. Viele kommen in der Lebensmittelzubereitungs- und Verarbeitungsindustrie vor. Eine Vielzahl von Bakterien wird bei der Herstellung von Oliven, Gurkengurken und Sauerkraut aus den rohen Oliven, Gurken bzw. Die Auswahl genau der richtigen Bakterien und der richtigen Bedingungen (z. B. Säuregehalt und Salzkonzentration) ist eine Kunst, um Lebensmittel mit genau den gewünschten Aromen herzustellen. Eine interessante Forschungslinie in den Lebensmittelwissenschaften zielt auf die Herstellung von essbaren Lebensmitteln durch Fermentation von Erdöl ab.

In einigen Fällen können Antibiotika und andere Arzneimittel durch Fermentation hergestellt werden, wenn keine andere kommerziell effiziente Methode verfügbar ist. Zum Beispiel kann das wichtige Medikament Cortison durch die Fermentation eines pflanzlichen Steroids, das als Diosgenin bekannt ist, hergestellt werden. Die in der Reaktion verwendeten Enzyme werden vom Schimmelpilz Rhizopus nigricans bereitgestellt.

Eine der erfolgreichsten kommerziellen Anwendungen der Fermentation war die Herstellung von Ethylalkohol zur Verwendung in Gasohol. Gasohol ist eine Mischung aus etwa 90% Benzin und 10% Alkohol. Der für dieses Produkt benötigte Alkohol kann aus der Fermentation landwirtschaftlicher und kommunaler Abfälle gewonnen werden. Die Verwendung von Gasohol bietet eine vielversprechende Methode zur Nutzung erneuerbarer Ressourcen (Pflanzenmaterial), um die Verfügbarkeit einer nicht erneuerbaren Ressource (Benzin) zu verlängern.

Eine weitere Anwendung des Fermentationsprozesses ist die Behandlung von Abwasser. Im Belebtschlammverfahren werden aerobe Bakterien verwendet, um organisches Material im Abwasser zu fermentieren. Feste Abfälle werden in Kohlendioxid, Wasser und Mineralsalze umgewandelt.

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