Se Også: Ikke-proteinogene aminosyrer
Se Også: Utvidet genetisk kode

et alloprotein er et nytt syntetisk protein som inneholder en eller flere «ikke-naturlige» aminosyrer. Ikke-naturlig i sammenheng betyr en aminosyre som enten ikke forekommer i naturen (nye og syntetiserte aminosyrer), eller forekommer i naturen, men ikke naturlig forekommende i proteiner (naturlige men ikke-proteinogene aminosyrer).

muligheten for nye aminosyrer og proteiner oppstår fordi i naturen har den genetiske koden som er ansvarlig for proteinstruktur 64 mulige kodoner tilgjengelig for koding av alle aminosyrer som brukes i proteiner (4 nukleotider i hver av 3 baser; 4 x 4 x 4 gir 64 mulige kombinasjoner), men hos mennesker og andre eukaryoter koder disse for bare 20 standard aminosyrer. Dette nivået av informasjon redundans i codon tabellen er kjent i biokjemi som degenerasjon. Det åpner døren for nye aminosyrer som potensielt kan kodes.

En tilnærming utnytter redundansen til de 3 kodonene som koder for et» stopp » – signal. Hvis en av disse kan erstattes av et annet stoppkodon, kan det kodonet i prinsippet «tilordnes» (sammen med nødvendige tRNA, frigjøringsfaktor og enzymmodifikasjoner) for å kode for en ny aminosyre uten å påvirke andre eksisterende kodinger. Ved hjelp av denne tilnærmingen kan alloproteiner og nye aminosyrer opprettes ved teknikker som «utvider» den genetiske koden for å inkludere flere nye kodinger, ved hjelp av nylig utviklede kodoner og relaterte trna (transfer RNA) og trna syntetase enzymer (aminoacyl tRNA syntetase). De vanlige mekanismene, som produserer aminosyrer og kombinerer dem til proteiner, produserer deretter nye eller ikke-proteinogene aminosyrer og innlemmer dem for å lage nye proteiner på samme måte. I 2010 ble denne teknikken brukt til å overføre et kodon i den genetiske koden til bakterien E. coli, modifisere den til å produsere og innlemme en ny aminosyre, uten å påvirke eksisterende kodinger eller selve organismen negativt.

alloprotein bruker inkluderer inkorporering av uvanlige eller tunge atomer for diffraktiv struktur analyse, foto-reaktive linkers (photocrosslinkers), fluorescerende grupper (brukt som merkede sonder), og molekylære brytere for signalveier.

Legg igjen en kommentar

Din e-postadresse vil ikke bli publisert.